کارشناسان سازمان سنجش هشدار داده‌اند که عدم تأیید سوابق تحصیلی در مهلت تعیین‌شده، عواقب جبران‌ناپذیری برای داوطلبان به همراه خواهد داشت. داوطلبانی که سوابق تحصیلی خود را تأیید نکنند، عملاً از تأثیر ۶۰ درصدی معدل در نتیجه کنکور بی‌نصیب می‌مانند. در چنین شرایطی، تنها نمره کنکور (۴۰ درصد) ملاک پذیرش آنان قرار می‌گیرد و نمره سابقه تحصیلی صفر محاسبه می‌شود که به طور قابل‌توجهی شانس قبولی آنان را کاهش می‌دهد .
مسئولان سازمان سنجش همچنین اعلام کرده‌اند که نمرات امتحانات نهایی توسط وزارت آموزش و پرورش به سازمان سنجش ارسال می‌شود. داوطلب موظف است با مراجعه به سامانه، از صحت این نمرات اطمینان حاصل کند. در صورتی که داوطلبی بدون تأیید سوابق، در فرآیند پذیرش شرکت کند، نمره کل سابقه تحصیلی به مراجع مربوطه ارسال نخواهد شد و عملاً با نمره صفر در این بخش گزینش خواهد شد .

تأکید بر تأیید سوابق تحصیلی با سهم ۶۰ درصدی در نتیجه کنکور، اگرچه گامی در جهت کاهش فشار آزمون یک‌روزه و توجه به عملکرد تحصیلی مستمر دانش‌آموزان است، اما چالش‌های جدیدی را نیز پیش روی داوطلبان و به ویژه خانواده‌های کم‌برخوردار قرار داده است. فرهنگیان پرس معتقد است که زیرساخت‌های فناوری اطلاعات در برخی مناطق کشور هنوز به حدی نیست که بتوان انتظار داشت تمامی داوطلبان به راحتی به سامانه دسترسی پیدا کنند. همچنین تجربه سال‌های گذشته نشان داده که مغایرت‌های آماری میان نمرات ارسالی آموزش و پرورش و نمرات واقعی داوطلبان، یک معضل جدی است که می‌تواند سرنوشت تحصیلی هزاران دانش‌آموز را تحت تأثیر قرار دهد.